1、防止溫度過高
儲藏溫度過高，種子呼吸作用旺盛，會過多消耗自身貯存的營養，降低發芽率，因此要求貯藏種子的環境溫度最好在10℃左右，切忌把種子放在火爐較近的地方。
2、控制種子含水量
防霉變關鍵是控制種子本身所含的水分。禾谷類作物種子含水量為12%～13%，油料作物種子為8%～9%，若含水量過高，則易發生霉變，尤其是花生、大豆、玉米等含油脂和淀粉較多的作物種子更應注意。種子貯藏要徹底清除作物莖葉、雜草、土等雜物，并對貯藏室以及貯藏用具進行嚴格的消毒，以免種子在貯藏過程中受污染物影響而發霉。種子應該放在干燥、通風處保管，不能和地面直接接觸，要用磚、木板等墊起，防止種子受潮。也不能被雨淋和雪蓋。
3、避免混雜
不少作物的種子與一般糧食不易區分，稍不注意就會造成種糧混雜。影響來年產量。種子包裝袋內外都要貼上標簽，標明品種、類型、數量，嚴防混雜。
4、避免種子窒息
種子不能用塑料袋、腌過菜的壇子或裝過農藥、化肥的袋子等裝種藏種貯存，因塑料袋不透氣，種子在袋內被迫進行無氧呼吸，產生酒精和有機酸等有毒物質，殺死種胚，使種子失去發芽能力，同時還引起霉變。
5、切忌忽冷忽熱
冬貯在室外的種子，不能因為天氣變冷而搬入室內，也不能因為室溫過高而把種子搬到室外。忽冷忽熱的溫度，會影響種子質量，降低種子發芽率。
6、防煙熏
切勿將種子儲藏在常有煙熏的地方，以免降低發芽。
7、防腐蝕
注意種子不能與農藥、化肥混儲種子不能與農藥、化肥等同室存放，因許多農藥和化肥具有較強的揮發性，揮發出的氣體對種子細胞和種胚危害極大，直接影響種子發芽率。
8、勤檢查
種子儲藏期間要勤檢查，看是否受潮、蟲蛀、鼠咬、發霉等現象發生。如有應及時采取措施，確保種子安全越冬，同時對冬儲種子要勤翻動，一般每隔20天翻動一次，以利通風降溫，保證種子質量。