東亞種業科研起始于1993年設立的東亞種子研發中心，下設13個育種所，涵蓋玉米、水稻、高粱、大豆、向日葵、蔬菜、馬鈴薯、林果等，試驗站和測試中心遍布全國。
擁有科技骨干約60人，包括多位業界知名博士和科學家；
與中國農業大學、中國農業科學院、遼寧省農業科學院、沈陽農業大學等密切合作；
與科沃斯、拜耳、先正達、杜邦等廣泛合作交流；
至今累計研發投入約4.5億元；
95%以上的品種為自主研發，并擁有獨立知識產權；
主要研發機構包括：東亞現代種業研發中心（沈陽沈北新區，60畝）、東亞種業國際種子研發中心（沈陽清水臺，1800畝）、東亞種業海南繁育基地（三亞鳳凰鎮，80畝）、北美東亞種業研發中心（加拿大安大略省，630畝）

東亞現代種業研發中心由清華大學建筑設計研究院規劃設計，建有1.2萬平方米的綜合研發樓和1000平方米的人工氣候室，配置儀器設備約400臺（套），投入經費近2億元。研發中心設有玉米生物育種國家重點實驗室、農業農村部東北主要作物遺傳育種重點實驗室，劃分為六大功能平臺，不但可以提供植物基因組服務，也可在人類和動物基因組方面提供高通量DNA提取、SSR/KASP檢測、芯片檢測和精準醫療等服務。

東亞種業踐行科企合作模式，與中國農業大學國家玉米改良中心、北京市農林科學院國家信息研究中心和玉米研究中心、沈陽農業大學、中科院沈陽自動化研究所等重點高校和科研院所強強合作，取得多項重要專利性成果。

自2006年參與國家火炬計劃至今，東亞種業承擔了農業農村部、科技部、發改委和省市各級政府部門的系列科研任務百余項，包括多個國家轉基因重大專項和技術攻關。